Il liceo fu istituito con Regio Decreto il 14 marzo 1807 ed intitolato ad Antonio Pigafetta il 20 gennaio 1867. Dal gennaio 1860 ha sede nell’attuale edificio, già oratorio dei Santi Maria e Cristoforo. Il Liceo Classico Pigafetta è ad oggi la più antica istituzione scolastica di Vicenza. Dal 1975 pioniere della Sperimentazione Linguistica. Scuola di Uomini e Donne che onorano la Città e il Paese.
Antonio Pigafetta (Vicenza 1480 0 1491 – 1534), fu navigatore superstite e cronista della spedizione di circumnavigazione del globo terrestre guidata da Magellano. Lasciò memoria di tale spedizione nella "Relazione del primo viaggio intorno al mondo", scritta in una prosa mista di veneto e francese.